Sus orígenes datan de febrero del 2000, siendo un equipo amateur que compitió en torneos ANFA y ADEFF. En 2006, bajo la presidencia de Miguel Nasur se contrata a Paula Navarro para estar a cargo de la rama femenina. Las “chaguitas” fueron fundadoras del primer campeonato femenino ANFP y desde ese entonces han competido ininterrumpidamente en el torneo, siendo unas constantes animadoras. En 2018 logran ganar la final contra Palestino, consagrándose campeonas. Al siguiente año, “las bohemias” logran el bicampeonato en el torneo anual y en 2020 superan a Universidad de Chile en la final del Transición, consagrándose
tricampeonas por primera vez, lo que les permite participar en la Libertadores Femenina, donde llegan a cuartos de final. En febrero de 2019, Santiago Morning se convirtió en el primer club femenino en otorgar contratos profesionales a siete de sus jugadoras. El 2021 se caracteriza por una inestabilidad en la banca técnica, por donde transitaron 3 entrenadores diferentes a lo largo del año. A pesar del buen fútbol no lograron consolidar resultados deportivos, cediendo el tetracampeonato al
perder la final con Universidad de Chile (0-2).
