Los orígenes de esta institución datan del año 2009, cuando el Club Ferroviarios, a cargo de Claudio Quintiliani, solicitó a la dirigencia pirata el uso del nombre para participar en el campeonato ANFP, situación que se mantendría hasta el año 2011 debido a los malos resultados y a la resistencia al interior del Club para ceder el nombre. En mayo de 2009 el equipo debutó con un triunfo de local ante San Felipe por 2-1, alcanzando al término del torneo el subcampeonato, quedando detrás de Everton que se proclamó campeón. La goleadora del representativo pirata fue la joven Francisca Lara Lara con 23 tantos, jugadora que sería destacada seleccionada nacional. En febrero del 2019, debido a la creación del Ascenso del Fútbol Femenino, la institución coquimbana volvió a darle vida al balompié de mujeres de la mano del técnico Marcelo Corrales y su ayudante Bárbara Hurtado. Lo anterior, con el propósito de regresar a Primera División y además cumplir con la normativa CONMEBOL para participar en torneos internacionales masculinos. El año 2021 las piratas lograron llegar a las semifinales, donde cayeron de local frente a Huacipato en la cancha del Complejo Deportivo Las Rosas. El empate a un gol durante los 90 minutos se tuvo que definir en tanda de penales. Desde los 12 pasos los sureños lograron imponerse por 3-1.
